Il fondo manoscritti del Collegio Nolfi e delle soppresse corporazioni religiose è costituito dai volumi superstiti delle congregazioni religiose soppresse che entrarono nel patrimonio della biblioteca nel 1867. Si tratta dei canonici lateranensi, minori conventuali, minori osservanti, minimi, gerolamini, cappuccini, camaldolesi.
Raccoglie opere classiche, storiche, ascetiche.
Del collegio Nolfi si conserva il patrimonio di quella che era stata la biblioteca dell'Università Nolfi, soppressa fin dal 1824 ed il cui patrimonio era stato accorpato a quello dei gesuiti.
Il fondo del collegio Nolfi contiene 124 volumi rilegati con documenti a carattere scientifico, filosofico, ascetico, legale, che sono serviti probabilmente ad uso scolastico.