Nel 1681 l'abate Federici venne accolto nella Congregazione dei padri Filippini dell'Oratorio di San Pietro in Valle. Con lui giunse anche la sua "libraria", una preziosa raccolta di volumi che sistemò a sue spese sopra il nuovo Oratorio. Per circa un quarantennio, cioè fino all'anno della sua morte nel 1720, l'abate Domenico Federici si occupò personalmente della sua raccolta; in seguito, con una disposizione testamentaria, lasciò la biblioteca ai padri dell'Oratorio, che si assumevano da parte loro il compito di tenerla aperta al pubblico un'ora al giorno e di incrementarne il patrimonio librario con il ricavato di una rendita poderale di proprietà del donatore.

"Da allora (1720) fino al 1797 (anno dell'invasione francese) e, successivamente, fino al 1808 (anno della prima soppressione delle congregazioni religiose), spettò perciò ai filippini occuparsi della conservazione della Federiciana, di redigerne l'inventario e di provvedere all'acquisizione di nuove opere, per un totale di 240 volumi".
[F. Battistelli, "Origini e vicende storiche della Federiciana", in La biblioteca Federiciana, Nardini editore 1994]

Nel 1861, con l'annessione delle Marche al Regno d'Italia, avviene la seconda soppressione delle corporazioni religiose: la biblioteca venne reclamata dal Municipio che ne ottenne la proprietà legale e la affidò alle cure di un "custode" affiancato da due bibliotecari: rispettivamente Luigi Masetti, l'orientalista Michelangelo Lanci e il filologo Filippo Luigi Polidori. Nel corso degli anni la biblioteca andò arricchendosi di numerosi volumi: le raccolte superstiti delle altre congregazioni, le donazioni private, i lasciti dei fondi manoscritti, ecc.